Jēkabpils Vēstures muzeja krājumā iekļautās kultūrvēsturiskās vērtības aptver Jēkabpils pilsētu un rajonu gan tā agrākajās, gan pašreizējās administratīvajās robežās laika posmā  no vissenākajiem laikiem līdz mūsdienām.

Jēkabpils vēstures muzeja krājums parāda Jēkabpils novada vēsturi, materiālo un garīgo kultūru to visdažādākajās izpausmēs- saimnieciskā dzīve un darbība, politiskie un militārie notikumi, izglītība, kultūra, veselības aizsardzība, novada iedzīvotāju sadzīve, tradīcijas, reliģiskā dzīve, tautas un profesionālā māksla.

Krājumā glabājas  vairāk nekā 45 000 priekšmetu ar muzejisko vērtību.