Jēkabpils Vēstures muzeja krājumā iekļautās kultūrvēsturiskās vērtības aptver Jēkabpils pilsētu un rajonu gan tā agrākajās, gan pašreizējās administratīvajās robežās laika posmā no vissenākajiem laikiem līdz mūsdienām.
Jēkabpils vēstures muzeja krājums parāda Jēkabpils novada vēsturi, materiālo un garīgo kultūru to visdažādākajās izpausmēs- saimnieciskā dzīve un darbība, politiskie un militārie notikumi, izglītība, kultūra, veselības aizsardzība, novada iedzīvotāju sadzīve, tradīcijas, reliģiskā dzīve, tautas un profesionālā māksla.
Krājumā glabājas vairāk nekā 45 000 priekšmetu ar muzejisko vērtību. Muzeja krājumu veido šādas pamatkolekcijas:
1. Arheoloģija- savrupatradumi un senlietas no arheoloģiskajiem izrakumiem, kas veikti Jēkabpils rajonā.
2. Etnogrāfija- priekšmeti, amatnieku darinājumi, kas raksturo sēļu, daļēji latgaļu sadzīvi, tradīcijas.
3. Rakstiskie materiāli- dokumenti, grāmatas un brošūras, sīkiespieddarbi, afišas un plakāti, pastkartes, kartes, albumi, mapes.
4. Fotogrāfijas.
5. Fotonegatīvi.
6. Diapozitīvi.
7. Lietiskie priekšmeti- rūpnieciski ražotie priekšmeti, ražošanas rīki., kara priekšmeti
8. Tēlojošie materiāli- gleznas, grafikas, skulptūras, dekoratīvi lietišķā māksla.
9. Numismātika- monētas , papīra naudas zīmes, ordeņi, medaļas, nozīmes, žetoni.
10. Audio un video materiāli.
Muzeja apmeklētāji ar krājuma kolekciju priekšmetiem var iepazīties ekspozīcijās “Sēļu sēta” un “Krustpils pils”, kā arī tematiskajās izstādēs.
Neeksponētā krājuma daļa ir pieejama apmeklētājiem, kas veic zinātniski pētniecisko darbu, muzeja pedagoģiskajās programmās, kā arī konsultācijās.
Neeksponētā krājuma daļa ir pieejama Nacionālā muzeja krājuma kopkatalogs
